一、漠南蒙古之归附清朝
明代末年，我国北方蒙古族以大漠为中心，分为三大部分。在大漠以南各部称为漠南蒙古，属于这部分的有：科尔沁、札赉特、杜尔伯特、巴林、札噜特、奈曼、喀尔喀、茂明窍、乌拉待、喀喇沁、乌珠穆沁、察哈尔、土默特、鄂尔多斯等部。他们的分布地区“东接盛京、黑龙江，西接伊犁东路，南至长城，北逾绝漠，袤延万余里”。大漠以北，称为喀尔喀蒙古，其属有车臣汗、土谢图汗、三音诺颜、札萨克图汗等部，分布地区，“东至黑龙江呼伦贝尔城（今内蒙古自治区境），南至瀚海，西至阿尔台山（今新疆维吾尔自治区境），北至俄罗斯”。大漠以西各部称为漠西蒙古，即卫拉特蒙古，属于此部分的有准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部、杜尔伯特部、辉特部。其分布地区东自阿尔泰山，西至伊犁河流域。上述蒙古各部大多逐水草而居，从事游牧的畜牧业经济，政治上处于互不统属的状况。各部落封建主之间，为了掠夺牲畜、土地和财产、争夺统治地位，常常发生矛盾，互相杀戮、征伐，他们为了凭借后金政权实力的支持，保护自己，壮大自己，免于为对方所统治和奴役，16世纪起就纷纷和后金政权建立联系。
早在女真族努尔哈齐兴盛和统一各部时期，蒙古科尔沁、喀尔喀等部就向努尔哈齐遣使通好，进献驼马，尊称之为“神武皇帝”。其间，有些蒙古部落也曾参与过女真别部对努尔哈齐的攻战，但皆为其所征服。努尔哈齐为了削弱蒙古势力和为其所用，采取“联盟”和“联姻”等办法分化瓦解蒙古各部势力和拉拢与驾驭蒙古各部。
1616年（明万历四十四年，后金天命元年），努尔哈齐建立后金政权后，为了与明王朝相抗衡，免遭明蒙联盟的打击，并进而推翻明王朝，必须充分利用地处后金政权和明王朝之间广大地区的蒙古各部力量。在后金政权与明王朝争夺对全国统治权的斗争中，蒙古各部具有举足轻重的地位。因而明王朝和后金政权的统治者，均对蒙古各部实行笼络政策，以图利用蒙古族的力量抵御或推翻对方。大体上，明王朝拉拢地处漠南中心的察哈尔部，而努尔哈齐则极力笼络与其相邻的嫩江流域以南的科尔沁等部及其以北的内喀尔喀等部。
察哈尔蒙古在漠南蒙古各部中势力为最强，其领袖林丹汗拥有8大营、24部，其势力东起辽西，西至洮河，士马强盛，威震河套以西，横行于漠南，成为挟持和威胁各部的宗主。诸部不堪其苦，故漠南各部的封建主与林丹汗长期存在着较深的矛盾。他们希图借后金力量抑制林丹汗，摆脱其统治，而后金政权则利用此种矛盾，通过威胁利诱和联姻、联盟政策，积极拉拢蒙古各部，并利用他们的军事力量，采取扶此抑彼各个击破的策略，征服与之相抗衡或不愿归附于他的蒙古部落。并进而利用蒙古诸部与察哈尔蒙古的矛盾，集中在其统率下的后金和蒙古诸部的联合军事力量来对付察哈尔部，多次打败了林丹汗的攻袭。与此同时，明王朝为抵御后金政权的进攻和骚扰，削弱、打击后金的反明势力，也积极支持林丹汗与后金的争战。在明王朝庇护下，林丹汗不仅独占明朝给蒙古各部的岁赐，每年可得到明朝赐银八万多两，并通过控制与明朝的贸易通道，坐收渔人之利。明王朝企图通过收买政策，来达到与林丹汗联合抗击后金的目的，但并未能奏效。后金在与明朝争夺蒙古诸部势力的斗争中，占有明显优势。
早在努尔哈齐时期，蒙古地区的一些部落就与后金遣使通好，往来不绝，漠南科尔沁等部与漠北喀尔喀等部，皆向女真强主，年年往朝，并进贡驼马，受到努尔哈齐嘉奖。努尔哈齐为抑制蒙古各部势力，并驾驭他们，不时采取军事威摄和怀柔相结合的政策：对于一些不听命于他或不顺从他的部落，进行军事攻占；对于一些归顺的部落，则采取封官授爵和联姻的政策，与他们盟誓修好，一致对明。科尔沁蒙古和札噜特蒙古，曾多次嫁女给努尔哈齐及其子，结为姻亲。努尔哈齐称帝，建立后金政权后，即调遣归附于他的蒙古各部兵力，四出征战，威震蒙古各部，其矛头首先集中指向在漠南有举足轻重和强大实力地位的察哈尔蒙古。他利用察哈尔部和科尔沁等部落之间的矛盾，拉拢科尔沁部，与之结成“联盟”，互相支援，对付察哈尔。在努尔哈齐及其子侄诸贝勒的声援下，科尔沁部曾多次打退察哈尔部的进攻，使林丹汗部众遗弃大量盔甲和驼马，狼狈逃窜。努尔哈齐去世，其子皇太极即位后，为继承其父统一蒙古未竟之业，继续实行对蒙古各部威胁利诱和分化瓦解及拉拢的基本国策，削弱蒙古各部，使各部皆听命于他，大大增强了实力，借以征服察哈尔蒙古，统一漠南，实现推翻明朝的目的。
1628年（明崇祯元年，后金天聪二年），皇太极调遣蒙古土默特、鄂尔多斯、喀尔喀等部兵力，大破察哈尔部，后又集中喀喇沁、奈曼、喀尔喀等部兵力，御驾亲征，大败察哈尔部，占领西喇木伦河和克什克腾，归降者无数。
1632年（明崇祯五年，后金天聪六年），皇太极再次亲征，并颁布条令，广泛动员，兵锋直指察哈尔部主营地归化城（今呼和浩特市），林丹汗不敌，仓惶西逃青海，一路尽弃马驼和兵器辎重，部众溃散，或尽为满蒙联军所俘，或纷纷要求归附。
1634年（明崇祯七年，后金天聪八年），林丹汗走死青海，其母率部降金。
1635年（明崇祯八年，后金天聪九年），皇太极俘林丹汗妻子，察哈尔部被征服。其属喀喇沁、土默特和鄂尔多斯诸部，亦尽皆归附，漠南蒙古为后金所统一。
1636年（明崇祯九年，清崇德元年），漠南蒙古16部49个封建主，承认皇太极为可汗，共奉之为“博克达彻辰汗”尊号。
二、准噶尔汗国的兴起和漠北蒙古归属清朝
后金统一漠南蒙古后，在漠南以外的蒙古地区还有两支较强的力量，即喀尔喀蒙古和漠西蒙古准噶尔部。后金征服和统治漠南蒙古，对他们不能不产生影响。鉴于后金强大的实力和察哈尔林丹汗抗金失败的教训，喀尔喀蒙古和漠西蒙古采取了与后金遣使修好的政策。自1635年（明崇祯八年，后金天聪九年）起，喀尔喀蒙古车臣汗即遣使向后金纳贡，后金亦派官员厚赏车臣汗，皇太极于盛京即帝位后，喀尔喀蒙古车臣汗、札萨克图汗和土谢图汗皆相继进贡驼马、貂皮和土特产品。1636年（明崇祯九年，清崇德元年），定岁贡，喀尔喀三部每岁向清朝进“九白之贡”（即贡白马八匹，白驼一头），喀尔喀与清朝建立臣属关系，表文贡使往来不绝。与此同时，漠西蒙古厄鲁特四部之首和硕特固始讦，亦遣使进献马匹，加强了和清朝的联系。
漠西蒙古主要指厄鲁特蒙古（即卫拉特蒙古）。据记载，清代厄鲁特蒙古，主要分布在东起西伯利亚叶尼塞河上游，西至巴尔喀什湖以东以南，其具体分布的地区为：准噶尔部，分布于巴尔喀什湖以东以南的伊犁河流域和楚河、塔拉斯河流域；杜尔伯特，分布在额尔齐斯河中上游两岸；土尔扈特分布在塔尔巴哈台及其以北一带；和硕特，游牧在额敏河两岸至乌鲁木齐地区，后又迁至青海、西藏一带。四部各自为政，不相统属，只有一个松散的联盟即“丘尔干”（或译为“楚固拉干”），作为协调各部关系的机构。“丘尔干”有盟长，原是四部之首实力雄厚的和硕特部首领担任，至17世纪20—30年代，准噶尔部强盛起来，代替了和硕特部的地位，成为四部之首。准噶尔为元代斡亦刺惕、明代瓦刺后裔，至17世纪初，其首领哈喇忽刺的实力不断增强，对外抗击沙俄入侵，对内与喀尔喀蒙古抗争，并与和硕特争夺盟主地位。至其子巴图尔珲台吉即位，继承其父遗志，加强厄鲁特诸部联系，成为丘尔干的实际盟主。
巴图尔统治西蒙古时期，沙俄侵略势力已越过乌拉山向西伯利亚深入，占领了原厄鲁特蒙古和喀尔喀蒙古的许多地区，并继续虎视眈眈，骎骎南下，他们一方面采取威胁利诱、拉拢分化的手段，另方面，又采取军事征服和蚕食政策，步步向漠西蒙古地区进逼，因而遭到了厄鲁特蒙古的强烈反抗。与此同时，厄鲁特四部互争雄长，互相抢夺牧场、人畜和财产。厄鲁特和喀尔喀封建主也纷争频繁。在厄鲁特蒙古内部，准噶尔部巴图尔珲台吉势力最强，史称“恃其强，侮诸卫拉特”，引起其它厄鲁特部的领袖和部众不满，出现外迁内逃的形势。
17世纪30年代、由于各部统治集团之间的矛盾，寻求新牧场和宗教信仰的需要以及沙俄节节南侵的威胁，土尔扈特部首领和鄂尔勒克率其部和部分杜尔伯特部、和硕特部5万余帐，越过哈萨克大草原，长途跋涉，迁到伏尔加河下游驻牧，和硕特也在其首领图鲁拜琥（固始汗）领导下迁入青海，后进而向西南占领西藏。
17世纪中期，面对沙俄入侵的威胁和清军统一漠南蒙古的形势，漠西蒙古和喀尔喀蒙古的封建主意识到，维护封建统治，加强封建秩序，巩固和加强部落的内部团结，一致对外的重要性。基于这种共同利益的认识，1640年（清崇德五年）九月，在准噶尔部首领巴图尔珲台吉的倡导和支持下，联合喀尔喀蒙古札萨克图汗，在塔尔巴哈台召开了厄鲁特和喀尔喀的蒙古封建主会议，有各部44位蒙古封建主参加，制订了《蒙古卫拉特法典》，以此作为维系内部统治、协调各部关系、加强封建统治、共同对外的基础，从而大大加强了准噶尔部的实力地位和蒙古各部的团结，使漠西蒙古地区出现了安定和稳定的局面。巴图尔珲台吉在厄鲁特地区，集中精力，从事生产建设，发展牧业生产，并在其首府今新疆北部和博克赛尔地区大力发展农业和手工业，建立固定居民点，使游牧经济逐渐发展到城镇经济，准噶尔部所在地逐渐成为厄鲁特蒙古的政治、经济中心。由于准噶尔经济和军事实力大大增强，和哈萨克、布鲁特（柯尔克孜）等族经常发生纠纷和战争。准噶尔由伊犁河流域迅速向西南楚河和塔拉斯河流域的哈萨克和柯尔克孜族地区进军，经过无数次的争战，最后取得了决定性胜利，在我国西北建立了以准噶尔贵族为统治核心的，包括厄鲁特各部和一些突厥部落在内的民族政权和地区的统一政权，故清代往往将准噶尔作为天山南北厄鲁特（卫拉特）诸部的泛称。有的史书又称之为准噶尔汗国。
与此同时，巴图尔珲台吉为保卫厄鲁特领土，与沙俄入侵者进行坚决斗争。
1640年后，沙皇政府曾多次遣使携带大批财物来见巴图尔，妄图对他们进行利诱拉拢，遭到了巴图尔的拒绝。他严正地向沙皇使者提出，要侵略军把原属其管辖的地区和布鲁特（柯尔克孜）人归还给他，并揭露了侵略军种种罪行。巴图尔不屈服于侵略者的淫威，仍派人至被侵略军占领的厄鲁特属地巴拉宾地区征收实物税。侵略军见利诱拉拢无效，就向厄鲁特驻地进行军事进犯，遭到准噶尔等部的顽强抵抗。
1643年（崇德八年）侵略军的魔爪伸人准噶尔驻地亚梅什盐湖地区，大肆劫掠，受到准噶尔部2000人的围袭，侵略军遭受很大伤亡，以失败告终，这就是准噶尔著名的保卫亚梅什湖之战。此后，巴图尔又组织力量袭击被沙俄占领的地区和全歼入侵的侵略军，取得节节胜利，有力地遏制了侵略者的野心。
1653年（清顺治十年），巴图尔珲台吉去世，由其第五子僧格于1664年即位。僧格即位后，一方面加强了和清政府的密切联系，另方面，对外仍继承其父政策，和沙皇侵略者进行针锋相对的斗争。沙皇政府企图利用准噶尔内部权力交替之机，对僧格进行威胁利诱。从1664年至1670年之间，曾先后派遣5个“使团”到准噶尔地区进行游说活动，要僧格为沙皇效力，归还其臣民捷列乌特人，并故意制造事端，提出所谓“礼仪程序问题”，遭到僧格严正拒绝和斥责。他坚决要求侵略者释放被扣属民，表示要攻打被侵略军占领的属地。
1667年（清康熙六年），僧格率领4000人包围红岩（今克拉斯诺雅尔斯克）等地，使侵略军胆战心惊，退守据点，日夜坐立不安。从而，僧格挫败了沙俄进一步入侵厄鲁特的阴谋活动。
正当僧格领导各部积极抗击侵略军之际，1670年（康熙九年），僧格为其同父异母兄在争夺统治权的斗争中所害，使准噶尔的大好形势，遭到破坏，陷于一片混乱之中。僧格被害的消息，为正在西藏当喇嘛的其弟噶尔丹得知后，立即返归，进行了一场争夺准噶尔统治权的斗争。
噶尔丹，为巴图尔珲台吉第六子，生于1604年（清顺治元年）。他早年在西藏为僧，深受五世达赖喇嘛和第巴桑结嘉措的器重。在他们的支持下，弃僧回准噶尔部，以替僧格报仇为号召，在僧格旧部和鄂齐尔图的帮助下，击败车臣和卓特巴巴图尔，自立为首领，掌握了准噶尔的统治权。
噶尔丹在取得准噶尔领导权，巩固了实力地位后，首先对厄鲁特各部和邻近的蒙古部落，发动了一系列兼并和掠夺战争。
1673年（康熙十二年）和1676年（康熙十五年），噶尔丹两次进攻曾支持他为汗的叔父楚琥尔乌巴什，并杀其子。
1677年（康熙十六年），噶尔丹击败曾经帮助他的联军和硕特鄂齐尔图车臣汗，并占有其地。在兼并内部后，进而欲东犯青海和硕特蒙古，由于清军严加防范，只好中途折返。
1679年（康熙十八年）领兵3万，又进兵天山南路，占领哈密与吐鲁番，遂以“西域既定，诸国咸赖奉为汗……及请命达赖喇嘛，始行博硕克图汗事，额鲁特雄长于西”。1681年（康熙二十年），噶尔丹又西向扩张，征服哈萨克、诺盖等部，兵锋直抵两河流域。
噶尔丹经过十余年征战，兼并四部，蚕食邻封，声势日张，恣行骄横，其欲为蒙古霸主的野心暴露无遗。他一方面一反其父兄抗击沙皇侵略的严正立场，与沙俄互相勾结，改变对沙俄政策，遣使到莫斯科向沙皇表示，要为其效劳，欢迎沙俄向其属民收税，甚至煽动沙俄发动入侵我国黑龙江，以取得沙皇对他的确认和支持。另方面，又把进攻的矛头直指喀尔喀蒙古。
喀尔喀蒙古，主要有土谢图汗部、车臣汗部、札萨克图汗部。其分布地区，东起额尔古纳河，西至阿尔泰山，与厄鲁特蒙古邻接，南连漠南蒙古，北抵贝加尔湖。当时，沙俄触角已伸进喀尔喀蒙古。
1687年（康熙二十六年），沙俄侵略军占领楚库柏兴（今色楞格斯克）。喀尔喀蒙古因不堪以戈洛文为首殖民军的劫掠和入侵，奋起反击，围攻已被敌军占领的楚库柏兴。侵略军被打得抱头鼠窜、退守孤城。喀尔喀蒙古士气大振，抗俄斗争进入高潮。在这关键时刻，噶尔丹受戈洛文的挑唆与支持，借口喀尔喀蒙古哲布尊丹巴。呼图克图在1686年（康熙二十五年）枯冷白齐尔盟会上，对达赖喇嘛使者不尊敬，于1688年（康熙二十七年）率军3万侵入喀尔喀地区特穆尔，大肆烧杀虏掠，使喀尔喀蒙古遭受戈洛文侵略军和噶尔丹腹背夹击，处于两面受敌地位。噶尔丹打败察珲多尔济汗，进攻额尔德尼昭哲布尊丹巴，又出兵克伦河劫掠车臣汗和札萨克图汗，喀尔喀蒙古各部惨败，受到空前浩劫，其封建主率部南下附清。噶尔丹发动的喀尔喀之战，不仅削弱了蒙古地区的抗俄斗争，也影响到当时全国对俄斗争的形势。噶尔丹以追逐喀尔喀为名，更进一步入犯当时已为清朝所统一的内蒙古乌珠穆秦地。1690年（康熙二十九年），又侵入乌尔会河以东的乌兰地区，向驻守在当地的清军进攻，乘胜长驱而南，深入距北京只有700里的乌兰布通，又打败清军，从而构成了对清朝和中原地区的巨大威胁。他虏掠人口，劫夺牲畜，不可一世，向圣祖提出“圣上君南方，我长北方”，从而完全暴露了要与圣祖分庭抗礼，平分疆土的政治企图。
噶尔丹发动的这场斗争，破坏了全国为清所统一的形势，使中国陷于南北对峙的局面。圣祖清醒地看到噶尔丹发动的这场战争的后果，指出“此人力强志大，必将窥伺中原，非至殒命不止，岂可泛视，寞诸度外”。“积寇一日不除，则疆圉一日不靖”，故下决心，尽速进兵，消除隐患。为此，清政府在人力、物力、财力和政治与军事上，进行了积极准备。
与此同时，清政府鉴于噶尔丹与沙俄相勾结，倚仗于沙俄，故与沙俄进行针锋相对的斗争。当时，清政府在东北与俄国进行中俄尼布楚条约谈判，为了能腾出手来对付西北地区的噶尔丹，改变谈判方针，采取退让政策，由坚持以尼布楚为界，降低到以额尔古纳为界，并于1690年（康熙二十九年）正式签约，从而能集中全力对付噶尔丹。当清政府听到噶尔丹与沙俄密议订立军事同盟和噶尔丹借兵于俄罗斯的消息后，即义正词严地向沙俄提出强烈抗议，使沙俄不得不有所收敛。
同年七月，圣祖在外交、政治和军事等方面作好一切准备后，对噶尔丹进行第一次亲征，兵分两路，大战于噶尔丹军驻地乌兰布通。噶尔丹带领军队2万人，严阵以待，布下骆驼阵，将1万多只骆驼背负箱垛，盖上湿毡，排列为栅。清军则以火器为前列，遥攻中坚。初，双方以大炮火枪互轰，继而两军展开肉搏战，几经厮杀，噶尔丹的骆驼阵被清军炮火彻底摧毁，清军乘机出击，迫使噶尔丹窜向科布多，清军大获全胜，是称乌兰布通之战。后噶尔丹施用缓兵计，遣使携带“请罪书”蒙骗清军，致使清军错失良机，未能乘胜追击，使噶尔丹成为漏网之鱼。
乌兰布通之役，有力地打击了噶尔丹的精锐力量，使其从此一蹶不振，内蒙古地区有了一个较为安定环境。1691年（康熙三十年），圣祖亲至多伦诺尔（汉名七星潭，在上都河与额尔屯河之间），举行会盟仪式，漠南蒙古49旗王公、漠北蒙古各部之王齐集，圣祖宣布喀尔喀蒙古实行旗制，漠北蒙古正式隶属于清朝。
三、噶尔丹的败亡和清朝统—漠西蒙古
噶尔丹在乌兰布通一役遭到惨败以后，并不甘心失败，放弃自己称雄蒙古的企图，而是退居科布多收集残兵，重振旗鼓，伺机卷土重来。同时，他更加紧和沙俄的勾结活动，与沙俄互遣使节，频繁接触，进行各种阴谋活动，以期得到沙俄的同情和支持。与此同时，噶尔丹以进贡为名，不断以合法和非法的手段向清朝纳贡，进行侦察骚扰活动，派人深入蒙古各部，煽动叛乱，并多次杀害清朝使节，滋生事端。
1694年（康熙三十三年），噶尔丹拒绝清朝出面调和其与土谢图汗之间的矛盾，拒绝前往参加会盟，重新进犯喀尔喀蒙古地区。
1695年（康熙三十四年），噶尔丹率军2万人，进攻外蒙古巴颜乌兰地区，并声称借俄罗斯炮手乌枪数万至。率军侵入克鲁伦河。清政府对噶尔丹的野心及其危害是很清楚的，认识到如不及早清除，不仅北部整个蒙古地区得不到安宁，而且后患无穷，影响到国家的统一，故圣祖决定第二次亲征。
1696年（康熙35年），圣祖发兵十万，分东、中、西三路，亲率中路，直奔克鲁伦河，夹击噶尔丹军。亲征前，清朝在后勤物资、运输等方面作了充分准备；在外交上，与沙俄的关系方面也采取了很多斗争策略，使噶尔丹陷于孤立无援境地。
清朝进兵期间，内部始终存在着统一与分裂的斗争。以大学士伊桑阿为首的被进军途中所遭遇的困难和噶尔丹扬言要借俄罗斯兵吓破了胆，主张圣祖中路撤退。以圣祖为首的主战派，对胆怯者进行严厉痛斥，指出：“我师现到此地，噶尔丹可擒可灭，而肯怯懦退缩乎？”并警告大臣和清军官兵，如果不奋勇追击，就要斩杀不论。由于圣祖的坚决行动，并兵分两路进行夹击，使噶尔丹不敢恋战，尽弃庐帐、牲畜、器械等，逃离巴颜乌兰。圣祖一方面派轻骑追击，另方面，命西路军在昭莫多堵截，两军遭遇进行激烈战斗。清军采取诱敌深入的方法，使噶尔丹亲率骑兵冲锋陷阵，前后失顾，被清军分兵迂回，山上山下、前后夹击。噶尔丹军全线崩溃，主力军受严厉打击，遭到惨败，史称昭莫多之役。
噶尔丹在昭莫多之役失败后，部众和物力、财力丧失殆尽，粮草几无，流窜于塔米尔河流域，部众四散，狼狈不堪，无力与清军相抗争，他想“北投鄂罗斯（即俄罗斯），而鄂罗斯拒不受”，而受其统治的各部，也相继离去，噶尔丹完全处于孤立无援的境地。
1697年（康熙三十六年），圣祖在向噶尔丹招降无效后，决定进行第三次亲征。将兵分两路，圣祖亲至宁夏，进抵狼居胥山，时噶尔丹内部已众叛亲离，身傍不足百人，又无驼马牛羊，饮食几尽，余众皆怨声载道，噶尔丹走投无路，一筹莫展，于1697年（康熙66年），走死阿察阿穆塔台。
噶尔丹败亡后，由其侄策旺阿拉布坦统治西蒙古地区。策旺阿拉布坦是僧格次子，1688年（康熙二十七年），噶尔丹为巩固其统治欲加害于他。策旺与僧格旧属率领部众5000人逃往额琳哈必尔噶，以博罗塔拉为根据地，招纳准噶尔部众，收并土尔扈特部1500户，不断扩张自己的实力，并取得清朝的信任和支持，与噶尔丹相对抗。圣祖亲征时，策旺阿拉布坦又乘机占领伊犁河流域及阿尔泰地区，自立为汗。他在平定噶尔丹之乱中，积极配合清军派兵夹击噶尔丹，要擒获噶尔丹，使噶尔丹处于腹背受敌、进退维谷的绝境。清朝之所以能迅速平定噶尔丹的扰乱，也是与策旺阿拉布坦占领噶尔丹的大后方、堵绝其归路分不开的，故策旺在清朝平定噶尔丹之乱中有很大作用，受到清朝的支持和赏赉。
策旺阿拉布坦统治西蒙古地区后，清朝将噶尔丹重要部属及准噶尔部旧游牧区赐给他，使之实力大为增强。优越的客观条件使策旺的欲望不断膨胀，他除统治新疆外，并企图染指青海，受清政府劝阻，计谋未能得逞。后又吞并土尔扈特部散札布属部15000余户，征服回疆。
1698年和1699年（康熙三十七、八年），相继出兵哈萨克，夺取额尔齐斯河两岸及哈萨克草原的大片地方，势力伸张至锡尔河下游（今哈萨克斯坦共和国境内），准噶尔达到最盛时期。
策旺阿拉布坦统治时期，对外采取抗击沙俄政策，与沙俄侵略军进行针锋相对斗争。当时，沙俄已侵占了准噶尔的很多游牧地和属地，被准噶尔部队阻遏在今克拉斯诺亚尔斯克至鄂木河河口一线以北，以南为准噶尔所控制。但沙俄侵略者贼心不死，仍不断派人至策旺阿布坦处进行威胁利诱，提出各种无理要求，遭到策旺的严词驳斥。
1715年（康熙五十四年），沙皇派遣以布赫戈利兹为首的一支3000人的侵略军，侵入准噶尔亚梅什地区，建立军事要塞。策旺阿拉布坦闻讯后，即于1716年（康熙五十五年）二月派遣大策凌敦多布，率领1万人队伍，将侵略军团团围困，进行猛烈攻击，敌人伤亡十分惨重，由侵略据点托穆斯克派遣的增援部队亦被卫拉特军捕获，最后只剩下700人狼狈而逃，是为著名的亚梅什湖之战。1720
年（康熙五十九年），策旺阿拉布坦之子噶尔丹策凌，又率领两万军民，击退了入侵斋桑湖一带的利哈列夫沙俄侵略军。策旺阿拉布坦并不断派人到被沙俄侵占地区的属部，征收实物税，和沙俄殖民当局进行坚决的斗争。后来，沙俄又多次派遣使者，1772年派遣以翁科夫斯基为首的使团等，至策旺阿拉布坦处，对他进行威胁利诱，要其让与领土，承认自己是俄国臣民，遭到策旺阿拉布坦拒绝，并与之进行坚决斗争，沙俄侵略阴谋终未能实现。
策旺阿拉布坦对内采取逐步扩充实力政策。初，他为仰仗于清朝支持，和清朝保持友好睦邻关系，待实力强大后，和清朝反目。
1715年（康熙五十四年），他借故袭击哈密驻地，被清军击退，与清朝关系破裂。与此同时，他为了与早先迁于青海西藏的和硕特部拉藏汗争夺对西藏的统治权，乃于1716年（康熙五十五年）十月，派大策凌敦多布率6000人进军西藏，袭杀拉藏汗，肆意杀掠，破坏寺庙，使当地的社会经济受到严重破坏，因而很不得人心。
1720年（康熙五十九年），清军向西藏进军，兵分三路攻入拉萨，把策旺阿拉布坦所遣军队逐出昆仑山，进驻西藏，并于1727年（雍正五年），正式设立驻藏大臣，完成重新统一西藏的事业。
策旺阿拉布坦入侵西藏的失败，使他受到沉重的打击。他遣使清朝表示重归于好，要求恢复与内地的贸易，划定与喀尔喀蒙古的游牧界线，清朝政府接受其要求。
1727年（雍正五年），策旺阿拉布坦去世，其子噶尔丹策零继位。在其统治初期，和清的关系一度很紧张。他愤于清朝借口其未立即押交罗卜藏丹津事遣军“兴师问罪”，而派宰桑玛木特率军两万袭击清驻外蒙古地区科舍图卡伦，驱赶驻马，遭到清西路军的反击而败退。
1731（雍正九年）六月，噶尔丹策零以少数军队拖住西路军，并散布流言，制造假象，迷惑清军，将主力埋伏山谷，设计诱清军深入，使西路军傅尔丹等遭到伏击，在和通淖尔又遭准军袭击，伤亡惨重，败退科布多，史称和通淖尔之战。
噶尔丹策零获胜后，踌躇满志，不断向科尔多附近喀尔喀蒙古地区的清军和蒙古军驻地进犯，皆被击退。他一方面派人潜入喀尔喀蒙古煽动他们背叛清朝，另方面又作好大举入侵喀尔喀蒙古的准备。1732年（雍正十年），他在侵犯哈密塔勒纳沁失败后，令小策凌敦多布以3万兵力，大举进犯察罕瘦尔喀尔喀蒙古游牧地，并偷袭喀尔喀蒙古亲王额驸策零牧地，掠夺其妻孥和牛羊数万。额驸策零复仇心切，乃连夜间道而行，以雷霆万钧之势，突袭准部，使其猝不及防，尽弃驼马鞍和军需品，逃窜至杭爱山东鄂尔浑河畔额尔德尼召地区，又遭额驸策零伏兵，在背水而阵的满军与河北伏于山侧的蒙军的袭击与配合下，准军四散奔逃，损失惨重，死伤近万人，准军的有生力量和牲畜、财产丧失殆尽，部众怨声载道。
1733年（雍正十一年），噶尔丹策零在大势已去，无法与清相抗争的情况下，不得不向清朝求和，要求与喀尔喀蒙古划分游牧界限，表示各守地界，互相修好。
清朝自噶尔丹以来，连年用兵，消耗了大量的人力、物力和财力，弄得精疲力尽，国库空虚，元气大伤，亦不愿再争战下去、而急于谋求休养生息，恢复和发展关内经济，故同意和解建议，并接受噶尔丹策零的要求，遣使至准噶尔部，商订与喀尔喀划分界约。经过多次商谈，终于在1739年（乾隆四年）冬，正式达成协议。协议具体规定了双方交界处各自的游牧地，大致上以阿尔台岭为界，厄鲁特人在山后牧放，喀尔喀蒙古在山前游牧。自此，准噶尔蒙古与喀尔喀蒙古相安无事，他们又恢复和加强了互相之间的贸易，密切了经济联系，商队和使节络绎不绝。
1745年（乾隆十年），噶尔丹策零病故。准噶尔内部为了争夺统治权，又陷入争权夺利的内讧，各封建主互相倾轧，内战纷起。
噶尔丹策零卒后，其次子策妄多尔济那木札勒因“母贵”继位，但他荒淫无道，暴虐人民，被部众废弃。1750年（乾隆十五年），部众拥戴噶尔丹策零庶长子喇嘛达尔札为首领。他在位期间，对内和清政府保持密切联系，对外面临咄咄逼人的沙俄侵略势力，采取了坚决抵制的态度，和沙俄相对抗，成为沙俄继续南侵的障碍。
1752年（乾隆十七年），沙俄派人欲收买和硕特拉藏汗之孙阿睦尔撒纳和准噶尔部大策凌敦多布之孙达瓦齐来推翻喇嘛达尔札，妄图使他们取而代之，建立傀儡政权，阴谋未能得逞。后达瓦齐和阿睦尔撤纳叛逃至哈萨克，喇嘛达尔扎即派兵前往擒拿，同年底，阿睦尔撒纳唆使达瓦齐“铤而走险”，暗选精兵1500名，昼伏夜行，由达勒奇岭山路间道赴伊犁，采取买通内奸和突然袭击的手段，杀死喇嘛达尔扎，篡夺了汗位。
达瓦齐为汗后，为表彰阿睦尔撒纳所立汗马功劳，将塔尔巴哈台牧地赐之。对清朝则采取归附态度。但他是个平庸无能之辈，终日饮酒作乐，荒淫无度，不理政事，使得准噶尔人人嗟怨，故归降的纳默库济尔噶乘机起事，进行攻伐，欲取而代之。达瓦齐在阿睦尔撤纳的帮助和策划下，粉碎了夺权活动，杀害其政敌。但阿睦尔撒纳亦是个阴谋家、野心家，对准噶尔汗位早就觊觎，因其非准噶尔直系，得不到贵族支持，故以拥立达瓦齐为名，积极培植个人势力，抢夺地盘，妄图取而代之。
1753年（乾隆十八年），阿睦尔撒纳公开向达瓦齐提出要求与他划分厄鲁特诸部，遭拒绝后，即掠夺伊犁北部鄂毕特鄂托克3000户。达瓦齐曾多次出兵征讨阿睦尔撒纳皆为所败。
1754年（乾隆十九年），达瓦齐亲率兵马3万直至额尔齐斯河，继续进行征伐，阿睦尔撤纳不敌，陷于绝境，被迫投向清朝。
准噶尔统治集团的内讧和残暴统治，使西域人民遭受很大苦难，牲畜大量死亡，土地牧场荒芜，生产遭到严重破坏，不少牧民家破人亡，流离失所，一片凄惨景象。天山南北各民族人民纷纷进行反抗，或反叛逃亡，或投奔清朝。大批厄鲁特部众离开了准噶尔地区。其中规模较大的有：1750年（乾隆十五年），准噶尔宰桑萨喇尔反对达瓦齐，率部众千余户内附；1753年（乾隆十八年），杜尔伯特台吉车凌、车凌乌巴什、车凌孟克率部众3100多户，15000余人内附，同年八月，辉特部阿睦尔撤纳和其它宰桑、台吉，“挈数万众屯内汛”。
当时全国形势已趋统一，只有西北地区还在准噶尔贵族的统治和扰乱之中，各民族人民都希望全国能够迅速统一起来，实现和平安定的局面，清朝政府为顺应这种要求和历史的发展，一直为统一西北作积极准备。厄鲁特三车凌和阿睦尔撒纳的内附，使清朝得知准噶尔内讧和互相残杀以及达瓦齐众叛亲离的情况。清政府认识到，准噶尔统治势力不消除，西北和北部蒙古族地区一日不得安宁，国家的统一也无法实现，故决心乘势出兵西域，完成最后统一西北大业。清政府采纳阿睦尔撒纳建议，决定在第二年牧区青草缺乏时进军。
1755年（乾隆二十年）二月，清军兵分两路，北路由班第为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军；西路命永常为定西将军，萨喇尔为定边右副将军。北路军由乌里雅苏台、西路军由巴里坤向伊犁地区进发。两路拥军5万，马14万匹，声势浩大。由于厄鲁特人民和西域各族人民对准噶尔贵族的内讧和残暴统治，早就深恶痛绝，希望早日实现和平统一和安定的局面，也由于清朝政府制订和贯彻了对准噶尔比较稳妥的政策，因而清政府统一西北的行动，受到牧民和各族人民的支持和拥护。当清军往征达瓦齐途中，准噶尔“大者数千户，小者数百户，携酮酪，献羊马、络绎道左，行数千里，无一人抗颜者”。内附的准噶尔将领也从军效力，协同作战，出现不少动人事迹。如同年五月，夜袭格登山，以准噶尔喀喇巴图鲁阿玉锡为首的25个勇士打得达瓦齐1万人仓惶逃遁，俘虏7000人凯旋而归，得到清政府的嘉奖。达瓦齐仅带亲信70余人逃往天山以南，为乌什城阿奇木伯克霍吉斯擒获送交清军。
清朝政府顺利统一西北后，论功封赏阿睦尔撒纳为双亲王，萨喇尔为一等超勇公，霍吉斯为郡王。与此同时，清政府对厄鲁特蒙古采取“众建以分其势”的政策，以防厄鲁特统治势力东山再起，乃封阿睦尔撒纳为辉特汗班珠尔为和硕特汗，车凌为杜尔伯特汗，噶勒藏多尔济为绰罗斯汗。但阿睦尔撤纳并不满足于这种安排，其为人“狠戾险阻”，野心勃勃，早就觊觎准噶尔汗位，尽管清朝封其为双亲王，权势倍增，但他欲壑难填，分裂割据的野心日益暴露。1755年夏，他唆使同党袭击清军台站哨所，围攻驻军将领，占据伊犁，树起叛旗，使西北已经统一的形势又遭破坏。
阿睦尔撒纳叛清后，清政府一方面重新策封厄鲁特四部汗位，另方面兵分两路，向阿睦尔撒纳发起进攻，迫使他东奔西窜，无法立足，败逃哈萨克地区。他为取得沙俄支持，实现自己的政治野心，要求沙俄出兵保护和进攻清军，为其网罗残余势力，承认其为准噶尔总汗。沙皇和殖民当局也为其出谋划策，要他加入俄国国籍，保证支持他当准噶尔总汗。清政府对他的政治野心早有所察觉和防范，一方面对其后台沙俄采取坚决斗争的态度，另方面，又果断地进行严厉的军事征伐。
由于阿睦尔撒纳掀起的叛乱，违背历史发展的趋势和各族人民的共同愿望，使准噶尔地区重新陷入“内乱频仍”、“群遭涂炭”的境地，因而受到各民族人民的反对，同时也引起准噶尔许多上层贵族的不满和抵制，而处于众叛亲离，极端孤立的境地。
1757年（乾隆二十二年）七月，阿睦尔撒纳逃入哈萨克地区，在哈萨克首领阿布责追捕下，只身带了七八人逃入俄占区谢米巴拉丁斯克要塞，于九月得痘身亡。
从康熙三次亲征噶尔丹至乾隆出兵擒获达瓦齐统一西北及平定阿睦尔撒纳之乱，前后共达70年。在客观上，不仅安定了社会秩序，而且避免蒙古分裂的危险，打击了沙俄的侵略势力，捍卫了祖国的边疆，促进各民族大家庭的巩固和发展。当时参加斗争的，有来自全国各地的蒙、汉、满、锡伯、达斡尔、维吾尔等各民族人民，他们跋山涉水，横渡沙漠，战胜严寒酷暑，历尽艰难困苦，英勇战斗，为统一祖国西北边疆立下汗马功劳。特别是蒙古族人民积极支持了清政府统一西北的斗争，他们之中很多人还参加清军戍边，在保卫和开拓祖国西北边疆中作出了重要贡献。
四、蒙古族地区的行政建置和盟旗制度
清朝统一漠南，喀尔喀和漠西三大蒙古各部后，在政治和军事上对蒙古进行了重大的改革，实行盟旗制度和军府制度。它一方面采取联盟政策，充分利用蒙古的力量来为其统一中国和巩固统治服务，清政府设立理藩院，专门处理对蒙古（包括新疆、西藏）的事务，负责制。订和研究贯彻对蒙古的政策；另方面，又采取防御和削弱蒙古力量政策，把蒙古族列入以满族统治阶级为核心的政治行政体制，建立直辖中央的军事机构。在蒙古地区，清政府直接派遣将军、都统和大臣等官吏，进行监督和行政控制。在漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古相继设立将军、都统（副都统）、总管、大臣，用以加强对蒙古的统治。这些官吏大多是满人，一般都是。皇亲国戚，少数为蒙古人。他们有很大权力，所有蒙古贵族都要受其节制和调遣。清朝在漠南除盛京将军，黑龙江将军、吉林将军直控今哲里木蒙古地区外，设有绥远城将军、热河都统、察哈尔都统、呼伦贝尔副都统、安北将军、左卫将军等，在喀尔喀蒙古地区设有定边左副将军（或称乌里雅苏台将军）、科布多参赞大臣、库伦办事大臣，其下又按需要设有多名都督、副将军和参事等职务。在青海设西宁办事大臣。在宁夏、陕甘地区有宁夏大臣直控阿拉善蒙古，设陕甘总督直控额济纳蒙古。清朝在新疆设伊犁将军，其下设乌鲁木齐都统、塔尔巴哈台和喀什噶尔参赞大臣与领队大臣等等。
清朝为进一步削弱蒙古力量，加强对蒙古人民的直接统治，在广大蒙古地区实行盟旗制度，盟旗制度主要内容，包括封爵、编佐、置旗、设盟、置官等几个方面，基本上是在蒙古原有政治制度的基础上建立起来的，但其性质已有了变化。旗本是蒙古鄂拓克中一种军事组织形式，后成为蒙古封建主政权组织，清朝利用此形式，一方面作为清朝赏赐给蒙古贵族的封建领地，另方面，又是清政府在蒙古地区设置的相当于县级的行政区域单位，直接为清朝统治蒙古服务。
清朝对蒙古各部进行编旗，小部落合为一旗，大部落分为数旗。各旗互不统属。每旗设札萨克（旗长）一人管理旗务。旗下基层组织为佐、凡年满18岁至60岁者要编入册。每150人编为一佐。喇嘛可免入册。平时三分之一牧民要服役；三分之二牧民搞生产。佐的头领称佐领，主要负责差役调遣工作。札萨克为世袭制，其下官员设协理台吉、章京、参领、佐领、骁骑校等官职，分工管理旗内的军事、司法、行政、土地等。旗的上层组织为盟，盟设盟长和副盟长各一人，从各旗的札萨克中产生，由理藩院奏报清政府任命。盟长的主要职责为会同各旗礼萨克处理大事务，接受上诉和会审案件，检阅各旗军事力量。
清政府在内蒙古地区实行盟旗制度过程中，除将察哈尔部编为直属于清政府的八旗外，于24部中，共建立49旗，6个盟，其名称为：科尔沁部6旗，札责特部1旗，杜尔伯特1旗，郭尔罗斯2旗，属哲里木盟；敖汉旗，奈曼旗，巴林部2旗，札鲁特部2旗，阿鲁科尔沁部1旗，翁牛特2旗，克什克腾部1旗，喀尔喀左翼旗，属昭乌达盟；喀喇沁部3旗，土默特部2旗，属卓索图盟；乌珠穆沁部2旗，浩齐特部2旗，苏尼特部2旗，阿巴噶部2旗，阿巴哈勒尔部2旗，茂明安部1旗，乌拉特部3旗，喀尔喀右翼部1旗，属乌兰察布盟；鄂尔多斯部7旗。属伊克昭盟。
外蒙古喀尔喀蒙古附清后，在康熙、雍正年间曾数度编为盟旗制。
1759年（乾隆二十四年），在外蒙地区，将喀尔喀蒙古及西蒙古诸部正式编制，计：土谢图汗部20旗，属汗阿林部；三音诺颜部22旗，厄鲁特2旗，属齐齐尔巴克盟；车臣汗部23旗，属克鲁伦巴尔和屯盟；札萨克图汗部18旗及辉特部1旗，属札克必拉色钦比都哩雅诺尔盟。
1725年（雍正三年），青海蒙古正式编旗共置西蒙古和硕特、绰罗斯、辉特、土尔扈特等部28旗，喀尔喀部及诺门罕1旗，为1盟，由西宁办事大臣兼任盟长。
1771年（乾隆三十六年），原先迁往中亚伏尔加河流域的土尔扈特部，在其首领渥巴锡的率领下，回归祖国故土伊犁河流域，受到清政府的热情接待，把他们安置在今新疆天山南北，并编旗设盟：在今新疆巴音格楞蒙古族自治州境内的旧土尔扈特部4旗，为南路乌纳思索珠克图盟；今和布克赛尔蒙古自治县境内的3旗，为北烙乌纳恩索珠克盟；今乌苏县境内的2旗，为东路乌讷恩素珠克盟；今博尔塔拉蒙古族自治州境内的1旗，为西路乌讷恩素珠克盟。此外，新土尔扈特2旗，为青塞特奇勒图盟；和硕特3旗，为巴图塞特奇勒图盟。
在西套蒙古地区也建立了旗制。阿拉善地区和硕特蒙古，于康熙年间建立札萨克旗；额济纳地区亦建立了札萨克旗，皆不设盟。
乾隆年间，杜尔伯特三策凌率部南附清朝后，于1754年（乾隆十九年），建左翼1旗，辉特1旗，为赛因济雅哈图左翼盟；又建右翼3旗，辉特1旗，为赛因济雅哈图右翼盟。
蒙古族地区盟旗制度的建立，是清朝政府在政治上的一大改革，较之我国历史上某些强大的封建王朝，对各民族地区所实行的羁摩政策，有很大的不同。历史上，中原王朝政府往往在民族地区建立都督府州，表面上隶属于中原王朝，实际上，中原王朝大多并未进行直接统治，而是委派本民族的头领为都督来统治，没有改变民族地区原有的政权机构、组织形式和政治制度，对其内部事务不加干预，仍由本民族的各级酋长来统治，实际上保留着原有民族政权独立或半独立的状况。
清政府在广大的内外蒙古和甘、宁、青、新疆、蒙古地区实行盟旗后，由清政府派遣官吏到民族地区进行管理，建立直属于清政府各级行政组织，蒙古地区原有的民族政权组织形式和政治行政制度不再存在，而完全纳入了清政府政治体制之内，从而，把北方民族地区的政治和清政府进一步联成一体，同时使边疆各民族和内地各民族人民也进一步联成一体，加强了各民族人民密切的经济联系，形成更加牢固的统一整体，为我国统一的多民族国家的最后形成，为我国疆域的最后奠定，各民族经济的共同发展，创造了良好的条件。